一般無菌室的滅菌方式分為：紫外線照射、臭氧滅菌、化學熏蒸這幾種。

紫外線照射：紫外線滅菌是利用適當波長的紫外線破壞微生物機體細胞中的DNA或RNA結構，造成生長性細胞死亡來達到滅菌效果，屬于一種物理方式的滅菌，也是我們微生物檢測無菌室最常用的滅菌方式。

紫外線可以殺滅多種微生物，包括細菌繁殖體、芽胞、病毒、真菌、支原體等，消毒使用的紫外線是200~275nm?的C波紫外線，殺菌作用最強的波段是250~270nm。

臭氧滅菌：臭氧是一種強氧化劑，滅菌過程屬生物化學氧化反應。

O3滅菌原理一般有以下三種：1、臭氧通過氧化分解細菌內部葡萄糖所需的酶，使細菌滅活死亡。2、直接與細菌、病毒作用，破壞它們的細胞器和DNA、RNA，使細菌的新陳代謝受到破壞，導致細菌死亡。3、透過細胞膜組織，侵入細胞內，作用于膜內的脂蛋白和內部的脂多糖，改變細胞的通透性，導致細胞溶解死亡。 

使用臭氧滅菌，殺菌效率高、無殘留，殺菌廣譜，可殺滅細菌繁殖體和芽孢、病毒、真菌等，并可破壞肉毒桿菌毒素。另外，O3對霉菌也有極強的殺滅作用。O3為氣體，能迅速彌漫到整個滅菌空間，滅菌無死角。所以，臭氧滅菌也是目前被廣泛使用的滅菌方式。

用臭氧消毒空氣，必須是在封閉空間，且室內無人條件下進行，消毒后至少過30min才能進入。另外臭氧的密度比空氣大，在空氣中會迅速下降到空間的底層，因此臭氧發生器也應當安裝在無菌室的頂部。一般滅菌時間選擇30min即可，要求空間中臭氧濃度不低于20mg/m3 。 

化學熏蒸：化學熏蒸是一種十分傳統的空間滅菌方式，一般是采用易揮發氣化的化學物質的蒸汽對空間微生物進行殺滅的目的，一般常用甲醛、戊二醛、過氧化氫、過氧乙酸等。

注意：非微生物室檢驗人員不得進入潔凈室（無菌室），對必須進入的外來人員或維修人員要進行指導和監督。